稿件发表前需要再次进行CrossCheck检查, 以避免因数据库更新或者时滞带来的检测数据缺失 。将复查报告与初查报告相对比, 如果变化不大, 准予接受发表, 并与作者签署版权转让协议, 进一步从法律上保障著作权。如果复查与初查结果相差大, 相似度增加, 其原因多为增加了新的高相似度论文。这种情况多为作者一稿多投、重复发表, 或者由于数据库更新扩充而发现新的抄袭等。
此时, 我们会将产生的新报告与对方刊物作进一步确认, 同时联系作者, 在确认作者侵犯版权后, 严正拒稿。
客观地讲, CrossCheck也有缺憾。它只能对语言文字进行比对, 而公式、图像以及表格等内容目前还不能进行直观有效地比对。有时会出现对所能检测到的数据资源库外内容遗漏或因“高级”抄袭技巧等原因造成的检查失真等现象。
因此, 我们常常需要借助其他辅助手段, 以求刊发论文的真实性。如编辑会对其中的关键词句等进行Google搜索, 时而有一些意外发现。比如, 在CrossCheck无法访问的一个网站，我们发现了一篇通过同行评审和CrossCheck查比而录用的论文, 实属一稿两投。
此外, 也发现一篇综述论文, 其后半部分70%的内容与别人已发表的内容一样, 只是将抄袭的内容顺序重新整理, 并添加了小部分新内容, 而CrossCheck查比时却没发现这部分内容的相似。在以后的工作中, 我们将进一步完善CrossCheck的工作程序力求将工作做细, 维护科学研究的真实性。